Toyota Highlander II è un'auto molto sicura sia per il conducente che per i passeggeri. I seguenti sistemi ed elementi sono responsabili della sicurezza nella macchina: ABS, BAS, VSC, DAC, HAC, EBD, TRC, poggiatesta anteriori e nove airbag.
A seguito del crash test, la NHTSA Toyota Highlander II ha ricevuto una stima di 4,5 stelle (massimo 5 stelle). Lo schianto frontale test-4 stelle (rischio di damage-11-20%), schianto laterale test-5 stelle (probabilità di ricevere grave injuries-5% e meno), stelle rollover-4 (rischio di girare l'auto in un accident-11-20%).
