Drugie pokolenie Santa Fe ma dobrą odporność na korozję. Producent dostarczyli na ciało 5-letnią gwarancję, więc wady najczęściej są wolne, gdy pojawiają się problemy. Gdyby samochód nie był w wypadku samochodowym, nie byłoby śladów rdzy do 3 roku życia.
Najsłabsze miejsca w ciele ciała to dach i przednia szyba przednia. Również problemy ciała można przypisać ubogim zamykającym się drzwiom. Jest to zwykle spowodowane przez sztywne uszczelniacze. Konieczne jest także okresowe regulowanie klamek zamka drzwiowego.
