Toyota Highlander II to bardzo bezpieczny samochód zarówno dla kierowcy jak i pasażerów. Następujące systemy i elementy są odpowiedzialne za bezpieczeństwo w maszynie: ABS, BAS, VSC, DAC, HAC, EBD, TRC, zagłówki z przodu i 9 poduszek powietrznych.
W wyniku testu zderzeniowego, NHTSA Toyota Highlander II otrzymał szacunkową wartość 4,5 gwiazdki (5 gwiazdek maksimum). Zderzaki czołowe-4 gwiazdki (ryzyko zapory-11-20%), zderzaki boczne-5 gwiazdek (prawdopodobieństwo otrzymania poważnych zmian-5% i mniej), rollover-4 gwiazdki (ryzyko przekrętu samochodu w przypadkowa-11-20%).
